孙中山最初提议的名单是：

陆军总长，黄信；

海军总长，黄钟瑛；

外交总长，王宠惠；

内务总长，宋教仁；

财政总长，陈锦涛；

司法总长，伍廷芳；

教育总长，章炳麟；

实业总长，张謇；

交通总长，汤寿潜。

这九个人。

但是名单提交代表会议讨论以前，宋教仁便暗暗找到孙中山，提出不同意见，主要就是把内务总长从宋教仁自己，换成了立宪派的程德全，之后又按照陶成章的意见，把对担任总长没有兴趣的章炳麟，换成了同盟会的蔡元培。

这样，最后确定的南京临时政府各部总次长名单就是这样的∶

陆军总长，黄兴；次长，蒋作宾；

海军总长，黄钟瑛；次长，汤芗铭；

外交总长，王宠惠；次长，魏宸组；

内务总长，程德全；次长，居正；

财政总长，陈锦涛；次长，王鸿猷；

司法总长（兼议和全权大使），伍廷芳；次长，吕志伊；

教育总长，蔡元培；次长，景耀月；

灾业总长，张睿；次长，马君武；

交通总长，汤寿潜；次长，于右任。

从临时政府的各部总长名单看来，虽然以同盟会员为总长的只有三个部（陆军、外交、教育），其他多为立宪派或旧官僚。但是，根据同盟会确定的“部长取名，次长取实”的原则，孙中山非常注意各部次长的人选。在孙的任命名单中，次长除汤芗铭外，都是同盟会的重要骨干。

而且立宪派和旧官僚出身的总长们，程德全和汤寿潜原来分别是江苏都督和浙江都督，调这两人入阁担任总长，也就相当于削去了他们一省都督的实权。

除此以外，本来总长中除教育总长同盟会方面是准备让给光复会的，然后孙中山还建议设立一个参谋总长，由陶成章或林淮唐担任，以示革命党的大联合。

但由于林淮唐主动表示，由于其下野许诺，将不担任任何政府内阁重要职务，推辞了孙中山的参谋总长之任。

陶成章也随即做出表态，要与林淮唐共进退。

林淮唐不做参谋总长，甚至连章太炎都不做教育总长，那他陶成章也不会去捡剩下的参谋总长来做。

最后还是按照林淮唐建议的，既然黄兴已经长陆军部，现在又是戎马倥惚的战争时期，那就干脆让黄兴连带兼任起参谋总长的职责，使南京临时政府的军事全权集于黄兴一身。

林淮唐和陶成章的表态，在政治和舆论上都是非常加分的。

除了体现出先锋队和光复会目前共同进退的立场以外，他们对临时政府内阁不插手一职的做法，也算杜绝了武昌方面的说辞——毕竟由于孙中山对黎元洪的提防，黎元洪一系人物，同样没能在临时政府的内阁中捞取一官半职。

而更重要的，则是林淮唐在临时政府上的退让，换取了先锋队在北伐军事上的便宜行动之权。

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